Gerakan reformasi yang awalnya diharapkan membuahkan kebahagiaan untuk Indonesia ternyata sebaliknya bertukar menjadi mimpi ngeri yang hingga kini terpahat sebagai detik hitam dalam sejarah Indonesia.
Sepanjang beberapa bulan proses gerakan reformasi di Indonesia, diikuti pengunduran Soeharto hinggalah zaman BJ Habibie memegang tampuk pemerintahan, tidaklah seindah yang dimimpikan oleh rakyat Indonesia.
Dalam tempoh peralihan dan pemulihan kesan gerakan reformasi, terjadi banyak peristiwa rusuhan, pertumpahan darah dan kekalutan yang terus mengganggu gugat keamanan.
Pra reformasi menyaksikan beberapa peristiwa berdarah seperti Rusuhan Mei 1998 yang terbahagi kepada beberapa rusuhan besar – Tragedi Trisaksi, pembunuhan kaum Tionghua, Rusuhan Medan, Peristiwa Gejayan, Peristiwa Cimanggis serta Tragedi Yogjakarta.
Manakala pasca reformasi sewaktu di zaman pemerintahan BJ Habibie, suasana politik dan hubungan etnik di Indonesia agak terganggu dengan beberapa kejadian tegang antaranya;-
i- Tragedi Lampung & Semanggi (September & November 1998)
ii- Referendum oleh Timor Timur (Oktober 1999)
iii-Pertempuran etnik dan agama di Maluku (Islam vs Kristian)
Selepas Pemilu 1999, Abdulrahman Wahid (Gus Dur) dilantik sebagai Presiden baru Indonesia sekalipun Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) pimpinannya jauh ketinggalan berbanding PDI-P pimpinan Megawati. Tatkala ini, Indonesia masih lagi dilanda beberapa keributan;-
i – Pertempuran etnik dan agama di maluku masih berterusan
ii- Acheh & Papua
iii – Papua Barat (Irian Jaya) cuba menuntut referendum sama seperti Timor Timur
iv- Rusuhan Poso (April – Jun 2000)
v – Letupan bom di Jakarta dan beberapa bahagian lain Indonesia (Ogos, Sept & Disember 2000)
vi – Perang Saudara etnik Dayak dan Madura di Kalimantan (Konflik Sempit – 2001)
Akibat kelemahan & ketidakmampuan Gus Dur menguruskan pemerintahan Indonesia dengan cekap selain kemarahan massa dengan pelbagai peristiwa tegang dalam negara, akhirnya Gus Dur mengundurkan diri pada akhir Januari 2001.
Berikutan itu, pada tanggal 23 Julai 2001, Megawati Soekarnoputri diangkat secara rasmi sebagai Presiden ke-5 Indonesia menggantikan Gus Dur melalui Sidang Istimewa MPR.
Untuk beberapa ketika nilai matawang rupiah yang sebelum ini terjejas teruk sehingga pernah mencecah Rp 17,000 bagi USD1 berada dalam keadaan sedikit stabil namun secara keseluruhan banyak bidang lain masih belum ada perubahan.
Semasa awal pemerintahan Megawati, Indonesia berterusan tidak sunyi dari ketegangan dan peristiwa berdarah. Dalam tempoh beberapa bulan pertama Indonesia digegarkan dengan beberapa siri letupan bom yang menyebabkan beberapa jiwa melayang.
i- Ledakan bom di Plaza Atrium (September 2001)
ii- Letupan bomo di Makasar & Jakarta (Oktober & November 2001)
Awal tahun baru 2002, Irian Jaya diberi kekuasaan autonomi oleh Jakarta dan diganti nama dengan Papua, namun masih lagi kekal sebagai sebahagian daripada wilayah Indonesia.
Pada Mei 2002, wilayah Timor Timur secara rasmi berpisah dari Indonesia dan dikenali dengan nama Timor Leste. Manakala empat bulan kemudiannya, seluruh dunia dikejutkan dengan serangan ganas ledakan bom berskala besar di pusat pelancongan Bali meragut lebih 200 nyawa.
Pun demikian, selain dibayangi peristiwa-periswa tegang sepanjang era pasca reformasi, terdapat juga beberapa kemajuan yang di capai oleh Indonesia seperti persetujuan damai dengan Gerakan Acheh Merdeka (GAM) bagi mengakhiri konflik bersenjata selama 26 tahun.
Bagaimanapun, persetujuan tersebut tidak berkekalan apabila pada Mei 2003 pertempuran antara tentera Indonesia dan pemberontak GAM berlaku semula di Acheh dan berlanjutan hingga 2004.
Dari akhir tahun 2002 hinggalah sebelum pemilihan semula Presiden baru, puluhan ledakan bom terus berlaku di merata tempat di seluruh Indonesia. Menandakan pasca reformasi 1998 masih sarat dengan titik hitam permasalahan yang gagal diselesaikan.
